Ok donc dans Debian Stable, on peut virer le fake ssh-agent de MATE facilement (Système -> Préférences -> Applications au démarrage) mais plus difficilement le gpg-agent... Pour ce faire : « gsettings set org.mate.session gnome-compat-startup "['smproxy']" ». Oui, on fait bien sauter tout gnome-keyring... Puis ajouter « use-agent » dans votre gpg.conf. À partir de votre prochain login, /etc/X11/Xsession.d/90gpg-agent s'occupera de spawn l'authentique gpg-agent.
Les autres méthodes (virer gpg-agent dans Système -> Préférences -> Applications au démarrage, dpkg-divert sur /etc/xdg/autostart/gnome-keyring-gpg.desktop, déplacer tous les fichiers /etc/xdg/autostart/gnome-keyring-*,...) ne fonctionnent pas.
Pourquoi virer le gpg-agent gnome-made ?
* Chacun son boulot. Ce n'est pas à gnome de s'occuper de gpg/ssh ! ;
* Le fake gpg-agent n'a pas toutes les fonctionnalités (gestion des cartes à puce, par exemple) ;
* La personnalisation du délai avant oubli de la passphrase de la clé GPG par le fake gnome-agent se fait avec dconf (voir :
https://askubuntu.com/questions/340809/how-can-i-adjust-the-default-passphrase-caching-duration-for-gpg-pgp-ssh-keys). Ce n'est pas intuitif. Enigmail permet de changer ce paramètre facilement depuis ses paramètres quand le vrai gpg-agent est utilisé.