J'utilise Thunderbird comme client mail (voir la ressource suivante pour prendre connaissance les raisons de ce choix :
http://www.guiguishow.info/2013/09/13/a-la-recherche-dun-mua/#toc-4251-choix-dun-mua ). J'utilise le mode mailbox (un dossier contenant XXX mails = un unique fichier sur le disque dur) car le mode maildir (un dossier = un dossier et un mail = un fichier dans un dossier) est encore plein de bugs (« Pour le moment Maildir est désactivé par défaut car il reste encore beaucoup de bogues. Il n'est pas complètement prêt pour les utilisateurs. » sur
https://support.mozilla.org/fr/kb/maildir-thunderbird ).
J'utilise massivement les dossiers et les filtres côté serveur (Sieve et procmail, voir
http://www.guiguishow.info/2013/09/13/a-la-recherche-dun-mua/#toc-4251-tri-du-courrier ) pour trier mes mails, leur affecter une priorité, bref plein de choses pour me simplifier la vie et être efficace sachant que j'organise tous mes projets collectifs/associatifs par mail, je n'utilise pas de redmine et autres outils de gestion de projets^W^W^W^W^W usines à gaz.
Parfois, quand je déplace manuellement un mail dans un autre dossier après l'avoir traité, le mail disparaît de Thunderbird : il disparaît du dossier source et il n'apparaît pas dans le dossier de destination.
Dans ces moments-là, je me connecte à mon serveur mail en SSH, je trouve le fichier qui correspond à ce mail dans mon maildir (find -mtime, -mmin <date_réception>, grep -R "<mot-clé présent dans le mail>",...) et je le déplace dans Maildir/.Dossier.De.Destination/new. Grâce à IMAP IDLE (ou à la prochaine relève des mails), Thunderbird apprend l'existence de ce mail, le déplace dans Maildir/.Dossier.De.Destination/cur côté serveur, l'enregistre dans le bon mailbox côté client et l'affiche à l'utilisateur en mode lu (donc Thunderbird se souvient que le mail a été lu... cette info est forcément enregistrée quelque part...).
À chaque fois que ce bug est apparu, le mail a été déplacé (via IMAP) dans Maildir/.Dossier.De.Destination/cur... Je pense que Thunderbird se prend ensuite les pieds dans le tapis lors du stockage local...