Pour joindre / fusionner plusieurs fichiers PDF en un seul fichier, j'utilise pdftk (paquet logiciel du même nom dans Debian) : pdftk 1.pdf 2.pdf 3.pdf cat output 123.pdf.

Chez moi, pdfjoin / pdfjam fonctionnent jamais : au-delà du premier PDF, les PDF suivants sont orientés selon le format paysage alors qu'ils sont conçus au format portrait, comme le premier document…